本片通过记叙明朝末年,宦官当权的背景下,老太监曹瑾怀在护卫唐巍的陪同下告老还乡,路上遭遇大雨,只得露宿在被废弃的兰亭山驿站。除了他们之外,此时已经有几拨人入住了这里。夜里众人发现袁阔罡的仆人候四被人杀死悬挂在房梁上,由此引出了二十几年前发生在这里的一桩全家灭门惨案。而当年下令的正是曹瑾怀,被杀的是他曾经的同窗好友蒲世川。而今天的谋杀正是当年蒲世川的后人的复仇计划。最终,曹瑾怀和他的护卫被杀,奸臣遭到铲除。。故事发生在东京八丈岛近海,一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸,途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时,一桩案件突然发生!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中!
此时,水下传来未知潜水艇逼近的声音,令人毛骨悚然,一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。