25世纪,太阳系屡次发生的Olynssis(奥林西斯)现象导致时间和空间变得十分不稳定,异常事件也因此而此起彼伏。不久以后,地球和月球成了和外星隔绝的存在…… 时间转到了36世纪…… 西历3567年,人类失去了昔日的文明,在荒凉大地上苟延残喘。尽管如此潦倒,人类的生活还是受到了来自月球的迷之无人操控机动兵器——ガーデナー的威胁。坚强的少年少女们像猎人一样,捕杀着ガーデナー作为生活的食粮…… 虽然文明已经崩溃,但是在高度发达的Maintenance Free技术下,城市机能限制性地继续运作,支撑着人们的生活……直到一个少年开始转动命运之轮……。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了!他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界,召唤出不同的像素怪人,通过城市破坏来搜集经验值,让像素霸主能够降临世间,统治世界!
为了守护地球安全,迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主!被称作“天才玩家”的人类男孩小凯,意外激活了超次元召唤器的真正力量!并且,凭借自身的强大能量和玩家经验,小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力,破解像素怪人作乱的招式,双方逐渐成为默契十足的搭档!
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中,一步步成长为更加优秀的战士,也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着,终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋!。