应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。惊醒后,窦昭发现自己竟重生回到了童年了。这一世,带着《昭世录》的她,终于拥有守护母亲的机会,弥补前世遗憾。但命运的齿轮从不会轻易回转,复杂局势接踵而至。前世今生,救赎的钥匙是否能握在自己手中?。故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会,机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙,巨大的机器王国就此建立。帝国之中,凤(一条和矢 配音)、华莲(绪方惠美 配音)、北斗(佐久田修 配音)和龙(藤原启治 配音)是辅佐机械皇帝的四灵将,其中,华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心,决定不再助纣为虐,于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。
在神居岛,莲花邂逅了名为高宫铁兵(桧山修之 配音)的放牧少年,之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥,皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥,正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。。