突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。一念癫狂,一念地狱,三个互不相识,各走各路的杀人魔头 - 刘帆(艾威)、程云新(陈国邦)以及葛叔(詹瑞文),原以爲可以隐姓埋名逃过法律制裁,岂料遇上一个能够透过特殊装置而可以看见死者临终前30秒画面的法医何非(王贻兴)、一个深谙茅山术数的道士周处基(刘翁)以及一班不懈辑凶的警探包括上司Madam Kok(江若琳)、老探长马叔(楼南光)、姐弟余亦欣(杨淇)和余亦琛(岑珈其)等,一衆捉魔特工抽丝剥茧联手跨界追查真凶。这三个各怀鬼胎的凶手,爲了阻止他们查出凶桉真相,竟站在同一阵线并再动杀机,掀起最血腥的正邪恶斗。。