故事发生在战国时代,出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎(加藤清史郎 饰),肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园——学习。该学园最早由天才忍者大川平次涡正(平干二朗 饰)创立,如今他虽年事已高,却仍然武功高超,而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋(松方弘树 饰)展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”(简称“忍蛋”),乱太郎被编入一年叶组(一年は组),在此他结识了富商之子新兵卫(木村风太 饰)和父母双双阵亡的雾丸(林辽威 饰),三个小家伙结成了情深意笃的三人组,从此开始了他们充满补习、重考和各种失败的快乐学校生活。
某一天,四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸(沟口琢矢 饰)和父亲齐藤幸隆(鹿贺丈史 饰)在家中遭到刺客万寿鸟(竹中直人 饰)、土寿鸟(石垣佑磨 饰)的袭击。原来,齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员,虽然早已脱离了这个邪恶的组织,但是忍者队还是紧追不舍,誓要取齐藤父子的性命。在这危急关头,园长和八方斋约定了一场对决,只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟,忍者队就彻底放弃齐藤父子。正所谓初生牛犊不怕虎,一年级的小忍蛋们,在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对决。一方是初入学园的新生,一方是拥有丰富实战经验的专业忍者,乱太郎他们能否取得最后的胜利呢?。本片讲述了以小昭为首的木兰特工队,揭穿了恐怖组织藏宝图背后的秘密,阻止了一场核战的发生,维护了人民的安全。本片将坚强勇敢的女英雄人物形象刻画到位,生动地展现了新世纪女性意识觉醒后的盎然生机。影片人物形象立体而生动,女性角色一反传统职业女性形象,她们身怀绝技、敢为人先、正直善良、勇敢坚韧、团结一心、将家国责任视为自身使命,是新世纪的女中豪杰,弘扬了新世纪女性忠诚坚定、顽强不屈、巾帼不让须眉的木兰精神。