故事发生在2029年,此时X战警早已解散。作为少数幸存的变种人之一,金刚狼罗根与卡利班共同照料着年迈的X教授(查尔斯·泽维尔)。由于衰老,X教授失去了对自己超能力的控制,如果不用药物抑制,他的力量会失控,造成全球性的灾难。同时,随着时间推移,金刚狼的自愈能力也在减弱,体能和力量远不如从前。
一天,一位陌生女子找到了金刚狼,请求他护送一名叫劳拉的女孩前往加拿大边境的“伊甸园”。罗根后来发现,劳拉是通过植入自己的基因培养出来的人造变种人。而在所谓的“伊甸园”,有一群与劳拉有着相似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍,他的目标就是彻底消灭这些人造变种人。。5岁的宗介生长在海边小城,他的家就在临海的悬崖上。一天,宗介捡到了一个被海浪冲上岸的废玻璃瓶,里面有条受困的小金鱼。小金鱼名叫波尼,她是人鱼女王的女儿,偷偷驾着水母溜出来玩的时候撞进了瓶子里。宗介把波尼带回了自己家,养在塑料盆里。波尼在宗介家过得很愉快,她很喜欢宗介,宗介也喜欢她。然而,快乐的日子很快就过去了,波尼的爸爸藤本把女儿带回了海底。藤本原是一个魔法师,后来和人鱼女王相爱成了海底的住人。 波尼回家后,十分思念宗介,她做出了一个大胆的决定——她要变成人,和宗介在一起。在妹妹们的帮助下,波尼偷出了父亲的法宝,向人类世界游去。不料,蕴含着危险魔力的生命之水失控了。于是,海水暴涨,暴风狂作,妹妹们变成了可怕的巨型鱼,海浪向宗介一家所在的悬崖扑去…… 海边小城被淹没了,波尼没想到自己的美好愿望竟然招来了这样的大祸。她能挽救宗介么?。