影片背景设置在11世纪的波斯,一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份,加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他的老师名叫阿维森纳,是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种,最著名的有《哲学、科学大全》,在当时是高水平的百科全书;另一部 巨著是《医典》,直到17世纪西方国家还视为医学经典,至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构,展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。。大华戏院名角沈玉芝未婚却有个儿子,这个秘密被另一个名角小飞燕周楚楚告到了戏院老板丁远山那里。丁远山给沈玉芝下了死命令:要么把儿子送到孤儿院,要么马上解除合约离开戏院。就在沈玉芝收拾东西准备离开戏院时,傲慢的周楚楚又来嘲笑她,被激怒的沈玉芝将周楚楚推倒在地,周楚楚头部磕到桌角上血流不止,当场昏迷过去。沈玉芝见自己闯下大祸,吓得赶紧逃离了化妆室,慌乱中落下了自己的胭脂盒。
沈玉芝带着儿子小虎准备离开海城,在火车站却被老板丁远山拦下来。原来周楚楚意外身亡,丁远山只能请求沈玉芝继续在戏院唱戏。沈玉芝怕自己这个时候拒绝丁远山,会引起别人的怀疑,只好答应留下来继续演戏。
负责侦破周楚楚案件的青年警察叶藏是沈玉芝往日的恋人,八年前一场变故让叶家家破人亡,叶藏悄无声息地离开了海城和沈玉芝。现在,叶藏的身份是海城新任刑侦队队长。
戏院人员刘丽春有意无意地在沈玉芝面前提起自己曾经捡到一个胭脂盒。沈玉芝心中一惊,她当然明白刘丽春的意思。自此,刘丽春开始了疯狂的勒索。倍受折磨的沈玉芝决定悄悄偷回胭脂盒,因此,玉芝找到好友方瑜商量,决定一起到刘春丽家偷回胭脂盒,为了阻止前来调查的叶藏,玉芝与叶藏谈起昔日往事;与此同时,方瑜才发现刘丽春已经死去,胸口上赫然插着一把匕首!两人魂飞魄散仓皇逃离。但屏风后的一双脚却让人疑窦暗生。几天后,叶藏在刘家搜查时发现了一封勒索信和一个胭脂盒,这个胭脂盒便是沈玉芝的。叶藏下达逮捕令,却被玉芝抢先一步逃走。叶藏为了让凶手浮出水面,故意设计逮捕玉芝,不明真相的玉芝伤心不已,而好友方瑜也气愤难当,告知小虎便是叶藏与玉芝的儿子。到此时,仿佛一切真相都已大白。但是却暗藏真相。
那么,这个圈套的幕后凶手究竟是谁?连环杀人的背后到底隐藏着什么惊天秘密?沈玉芝是否清白?她能否与叶藏再续前缘呢?。