《超市之女》描述一个傻头傻脑的老板五郎,不善经营旧式超级市场「正直屋」,在另一家擅於耍弄行销的「减价大王」超市的威胁下,生意一落千丈。「减价大王」更打算以高薪挖走「正直屋」多个部们主管,「正直屋」前景岌岌可危。
五郎的国小同学花子,是名寡妇,她凭著家庭主妇的敏锐触角,锐意改革「正直屋」,改善寿司、肉类、鲜鱼等多包装流程。虽然最初部门主管各据山头,抗拒改革,但花子对「正直屋」不离不弃,最终扭转乾坤,说服部门主管与「正直屋」共存亡,令「正直屋」不但只卖新鲜食品,更体贴眾太太的需要,令她们安心购物。「正直屋」最终於元旦倾销中突围而出,顾客大排长龙,彻底击败「减价大王」。。一次偶然中,名叫芦屋瑞稀(前田敦子 饰)的女生遭遇了歹徒袭击,索性得到了佐野泉(中村苍 饰)相救,才得以保全,而本是跳高运动员的泉却因此而伤到了韧带,从此放弃了这项挚爱的运动。得知此消息,瑞稀的心中感到十分愧疚,于是,她乔装打扮成男生的样子,转入了泉所在的日本樱咲私立男子高校,成为了泉的同班同学兼舍友,希望能够借此机会鼓励泉重拾跳高。
在新的班级中,瑞稀结识了一帮有趣的同学们——个性开朗咋咋呼呼的中津秀一(三浦翔平 饰)、极具王子气质的难波南(桐山涟 饰)、拥有灵异体质的萱岛大树(柳下大 饰)和暗恋着难波南的中央千里(西井幸人 饰)等人。瑞稀能否保守自己身为女孩的秘密呢?她和泉之间日渐暧昧的关系又会向何处发展呢?。